Академијата за судии и јавни обвинители бележи интензивна и плодна соработка со министерствата и останати релевантни институции во РСМ преку низа заеднички активности кои целат кон јакнење на ефикасноста на правосудниот систем и доследно почитување и применување на законите во нашата земја.

Во тој контекст, се издвојува соработката помеѓу Академијата и Министерството за правда преку учеството на Академијата во работната група за подготовка на Стратегијата за реформа на правосудниот сектор 2017-2022 година, која се донесува со цел давање насоки, правци за подобрување на системот на правосудство преку надминување на постојните недостатоци од нормативен и институционален карактер кои се провлекуваат низ него, со
акцент на зајакнување на системот на континуирана едукација на судиите, судските соработници, јавните обвинители и нивните соработници и адвокати, како и воедначување на судската пракса преку зголемен обем на обуки на судиите во рамките на АСЈО. Понатаму, во соработка со АСЈО, Министерството за правда изработи нов предлог-закон за АСЈО, со кој се врши негово усогласување со насоките содржани во Стратегијата за реформа на правосудниот сектор и со препораките дадени од страна на релевантните меѓународни институции и истиот е моментално во собраниска процедура. Соработката помеѓу Академијата и Министерството за правда се покажува и
како исклучително значајна во процесот на хармонизација на националната легислатива со европското законодавство, како и во исполнувањето на критериумите и препораките на Европската унија во однос на владеење на правото и почитувањето на човековите права, преку заедничко учество во меѓународни програми. Исто така, согласно законските одредби, во Управниот одбор на Академијата членува претставник од раководните административни службеници на Министерството, што директно го инволвира Министерството во активностите кои ги превзема Академијата и во донесувањето на значајни одлуки од делокругот на нејзиното работење.

Покрај Министерството за правда, Академијата остварува поблиска соработка и со други министерства во РСМ, како што е на пример соработката со Министерството за внатрешни работи, која се остварува преку размена на искуства на експерти во одредени области кои се од заеднички интерес, како и низа друга активности кои значат зајакнување на односите помеѓу полицијата и правосудството. Во таа смисла е и учеството на Академијата во Националната комисија за следење на имплементација на Стратегијата за јакнење на капацитетите за водење финансиски истраги и конфискација на имот за периодот од 2021-2023 година.

Исто така, во 2021 година, Академијата склучи меморандум за соработк со Управата за финансиска полиција при Министерството за финансии, како продлабочување на соработката во однос на заедничката заложба за сузбивање на финансискиот криминал со цел заштитана финансиските интереси на РСМ:

Понатаму, Академијата остварува соработка и со Министерството за економија преку учество во спроведување на Националната стратегија за интелектуална сопственост 2022-2026 за нацрт мерки и активности насочени кон постигнување степен на заштита на правата од интелектуална сопственост, поблиску соработува и со МИОА, Судско- буџетскиот совет, Агенцијата за администрација , Управата за финансиско разузнавање и други реномирани институции во земјата. Академијата зема активно учество и на тркалезни маси за сектор правосудство во врска со спроведувањето на Националната стратегија за спречување на корупцијата и судирот на интереси 2021-2025 спроведено од ДКСК, а меѓудругото и континуирано работи на реализацијата на обврските од склучените меморандуми со: Управата за јавни приходи, Комисијата за заштита од дискриминација, Комисијата за заштита на правото на слободен пристап до информации од јавен карактер и други.